实验室下设综合行政管理部、综合业务管理部、社会服务部、实验室管理部、培训交流部,建有中试试验中心、机理试验中心和分析测试中心,另根据不同研究课题设置若干不同的专业实验室,如烟气净化实验室、固废资源化利用实验室、新能源利用实验室、能源环境产业政策研究室等。